Året är 1976. Jackie Moon äger det halvprofessionella basketlaget Tropics i Flint, Michigan. Hittills har laget inte vunnit en enda match. Gruppen de spelar i ska ha upp fyra lag i den nationella basketligan. När Tropics fortsätter att förlora går Monix, en kille med en alldeles speciell attityd, med på att träna dem. Är han mannen som kan få förlorarna Tropics att förvandlas till vinnare?

Alla våra gamla vänner är tillbaka igen, lejonet Alex, zebran Marty, giraffen Melman, flodhästen Gloria såväl som Kung Julian, Maurice och Pingvinerna. Här försöker de ta sig från Madagaskar tillbaka till New York – med hjälp av ett kraschat plan pingvinerna försökt lappa ihop. De lyckas lyfta planet och gänget ser fram emot att komma hem till tryggheten i Central Park Zoo – men nödlandar på savannen i Afrika!

Systrarna Jane och Roxy är varandras motsats. Jane är disciplinerad och ordentlig medan Roxy är spirituell, impulsiv och slarvig. När Jane är på väg till en viktig collegeintervju, är hon full med förhoppningar. Men innan hon kommit dit, råkar hennes syster av misstag utsätta henne för det ena olycksaliga missödet efter det andra, och snart riskerar Jane att få allt det hon drömt om förstört.

Ett fartfyllt äventyr om fyra djur från Central Park Zoo i New York som blir skeppsbrutna på ön Madagaskar. Lejonet Alex, zebran Marty, giraffen Melman och flodhästen Gloria har levt sina liv i största bekvämlighet. Men Marty är nyfiken på världen utanför och med hjälp av ett gäng pingviner rymmer han för att gå på upptäcktsfärd. De andra tar upp jakten på honom men plötsligt blir de tillfångatagna och satta på en båt till Afrika!