Nu är alla hjältar tillbaka. Under ledning av professor Xavier måste denna gång Wolverine, Cyclops, Storm och de andra samarbeta med deras ärkefiende Magneto och hans hejdukar för att bekämpa en ännu värre fiende…

Bernard Berkman (Jeff Daniels) är mannen som ägnar sig åt lärarjobb trots att han en gång i tiden varit en stor romanförfattare. När hans fru Joan (Laura Linney) upptäcker att även hon har författartalang, splittrar svartsjuka familjen. Joan börjar dejta sin yngste sons tennistränare och Bernard har en affär med studenten som hans äldre son är på jakt efter.

Över hela vår jord föds barn som mutanter. Dessa mutanter har fantastiska krafter. Professor X har skapat en skola där dessa barn får chansen att utveckla sina krafter i fred, skyddade från en värld som hatar och fruktar dem. Han kallar dem sina X-men. Nu måste dessa X-men slåss mot den fruktade superskurken Magneto när han hotar den värld de alla lever i.