Besättningen på Enterprise kallas hem när ett fruktansvärt terrordåd utförts av någon inom deras egen organisation. Stjärnflottan förintas, och världen befinner sig i kris.
I denna krigshärjade värld, leder kapten Kirk jakten på den livsfarlige man som i sig är ett massförstörelsevapen, en jakt som även är en personlig vendetta.
Våra hjältar tvingas in i ett episkt schackspel på liv och död, där kärlek och vänskap står på spel och Kirk måste offra allt för den enda familj han någonsin haft, sin besättning.