Alex, Marty, Gloria och Melman kämpar fortfarande för att ta sig hem till sitt älskade New York. Kung Julian, Maurice och pingvinerna hänger på för äventyrets skull. Den här gången leder vägen dem genom Europa, där de kommer på den perfekta täckmanteln, en resande cirkus, som de återuppfinner i sann Madagaskarstil.