Neo söker efter sanningen bakom Matrix, ett namn och en värld som han ser i sina drömmar. Han är övertygad om att Morpheus, som sägs vara en av världens farligaste män, vet allt om det. När Neo en kväll förs iväg av Trinity och står öga mot öga med Morpheus blir han erbjuden ett livsavgörande val. Tar han den röda tabletten får han veta sanningen om Matrix och den värld han tror sig leva i. Tar han den blå glömmer han att han någonsin mött Morpheus och fortsätter det liv han nu lever i ovisshet.