Alla våra gamla vänner är tillbaka igen, lejonet Alex, zebran Marty, giraffen Melman, flodhästen Gloria såväl som Kung Julian, Maurice och Pingvinerna. Här försöker de ta sig från Madagaskar tillbaka till New York – med hjälp av ett kraschat plan pingvinerna försökt lappa ihop. De lyckas lyfta planet och gänget ser fram emot att komma hem till tryggheten i Central Park Zoo – men nödlandar på savannen i Afrika!

Ett fartfyllt äventyr om fyra djur från Central Park Zoo i New York som blir skeppsbrutna på ön Madagaskar. Lejonet Alex, zebran Marty, giraffen Melman och flodhästen Gloria har levt sina liv i största bekvämlighet. Men Marty är nyfiken på världen utanför och med hjälp av ett gäng pingviner rymmer han för att gå på upptäcktsfärd. De andra tar upp jakten på honom men plötsligt blir de tillfångatagna och satta på en båt till Afrika!