Den föräldralöse pojken Eggs uppfostras av Boxtrollen – sopsamlande, älskvärda troll som lever under gatorna i staden Cheesebridge. Invånarna tror dock felaktigt att trollen är farliga och blodtörstiga varelser. En ondsint trolljägare med siktet inställt på en statusfylld ställning, drar nytta av detta och börjar tillfångata trollen. För att rädda sina vänner går Eggs samman med en överklassdotter han lyckats övertyga.