10-åriga Mary Lennox växer upp i Indien med rika brittiska föräldrar. När de dör skickas hon tillbaka till England och sin farbror, Archibald Craven, på hans avlägsna herrgård. Hon upptäcker att huset ruvar på flera hemligheter, bland annat att hennes sjuka kusin Colin hålls gömd där. Tillsammans ska de missanpassade barnen hela varandra, samtidigt som de utforskar en magisk, hemlig trädgård.