På en katolsk skola i Bronx är fader Flynn präst med ambitioner att öppna upp den stränga undervisningen och anpassa skolan till övriga samhället. Rektor på skolan är syster Aloysius som blir misstänksam när fader Flynn visar lite för stort intresse för en av skolans elever och när hon konfronterar honom nekar han men begär ändå förflyttning.