Federationens stjärnskepp U.S.S. Enterprise är ute på ett träningsuppdrag och för amiral James T. Kirk kan detta vara hans sista uppdrag. Men Khan är tillbaka. Med hjälp av en liga genetiska övermänniskor har Khan anfallit rymdstationen Regula One, stulit en topphemlig uppfinning vid namn ProjectiGenesis samt tagit kontroll över ett av Federationens stjärnskepp. Nu smider han planer på att gillra en dödlig fälla för sin gamle fiende Kirk och därmed hotas hela universum av undergång!