Efter att deras yngste son Adam dör i en olycka, får paret Paul och Jessie Duncan besök av en fertilitetsläkare som erbjuder dem att försöka få tillbaka sin son genom en experimentell och olaglig kloningsprocess. Den pånyttfödde Adams liv löper sedan på utan problem. Fram till hans åttonde födelsedag …

Nu är alla hjältar tillbaka. Under ledning av professor Xavier måste denna gång Wolverine, Cyclops, Storm och de andra samarbeta med deras ärkefiende Magneto och hans hejdukar för att bekämpa en ännu värre fiende…

Över hela vår jord föds barn som mutanter. Dessa mutanter har fantastiska krafter. Professor X har skapat en skola där dessa barn får chansen att utveckla sina krafter i fred, skyddade från en värld som hatar och fruktar dem. Han kallar dem sina X-men. Nu måste dessa X-men slåss mot den fruktade superskurken Magneto när han hotar den värld de alla lever i.