Unge Rantaro, född in i ninjalivet, börjar på ninjaakademien och blir där snart vän med rikemansbarnet Shinbe och Kirimaru som förlorat sin far i kriget. Trots att Rantaro trivs på skolan har han svårt att hänga med i studierna, men han får snart på allvar chansen att visa vad han går för när en annan elev och hans far mordhotas av de farliga Usetake-ninjorna. Kan Rantaro och de andra på skolan rädda dem?